Obdobie stredoveku bolo obdobím temna aj vo vzťahu k drogám a ich účelnému využívaniu. Vierouka kresťanskej cirkvi, ktorá mala v prevažnej časti známeho sveta dominantné postavenie, vychádzala z kontrastu materiálneho sveta utrpenia a vízie raja v posmrtnom živote, a ako prostriedok spasenia zdôrazňovala oddanú vieru. Všetko, čo narúšalo túto predstavu fungovania sveta, bolo pre cirkevné inštitúcie nebezpečné.
V týchto súvislostiach je pochopiteľné, že látky spôsobujúce zmenu ľudského vnímania alebo vyvolávajúce eufóriu (v Európe išlo výhradne o ľuľkovité halucinogénne rastliny) boli hrozbou, ktorej bolo potrebné čeliť. Akákoľvek spojitosť, hoci aj domnelá, s čarovnými bylinami stačila ako dôkaz o spriahnutí s diablom. Rovnako sa pozeralo aj na tzv. sabaty, v ponímaní cirkvi satanské rituály, ktoré však neboli ničím iným než pozostatkom starých pohanských zvykov, ktoré mali podporiť plodnosť rastlín a zvierat.
Obvinenia z čarodejníctva sa však stali skutočnou pohromou, až keď jeden z pápežov podpísal prvú bulu proti čarodejniciam a zároveň udelil inkvizítorom právo konfiškovať ich majetok. Užitie akejkoľvek drogy na náboženské účely alebo len na osobné potešenie sa trestalo mučením a smrťou. Zároveň však nebolo presne definované, čo sa za drogu považuje, a mohla byť za ňu označená akákoľvek podozrivá látka, či neškodná mastička.
Inkvizícia v Novom svete vychádzala z podobných zásad a metód ako v Európe a prenasledovala veľký počet domorodcov užívajúcich drogy, ktoré boli na americkom kontinente tradičné. Napriek tomu sa tu cirkev nestretávala s priamym spojením medzi drogami a erotikou, ako to bolo pri európskych sabatoch. Autoritu cirkvi narúšali skôr pôvodné tradície a domorodé kulty silne integrované s užívaním vizionárskych rastlín (napr. psilocybínových húb), ktoré konkurovali kresťanstvu.
Ani drogy stimulujúce ľudský organizmus sa nevyhli stretu s cirkevnými autoritami. Aj napriek tomu, že užívanie stimulujúcich drog sa nemuselo nevyhnutne spájať s náboženskými účelmi, inkvizítori v nich často videli modloslužobné praktiky. Zaujímavou skutočnosťou je, že napríklad problém s užívaním koky v Južnej Amerike zanikol až vtedy, keď bol kňazom priznaný desiatok z jej predaja.
Podobne aj tabak, najobľúbenejšia droga Ameriky, bol pôvodne zatracovaný ako satanská rastlina. Tabak si však bleskurýchlo získal priazeň množstva ľudí na starých kontinentoch a štáty kontrolujúce obchod s tabakom začali jeho predaj zdaňovať. Pod tlakom rýchlo sa šíriacej záľuby vo fajčení tak bola nakoniec aj cirkev prinútená prehodnotiť svoju exkomunikačnú politiku.